南京农业大学植物保护学科具有悠久的历史，其前身可以追溯至金陵大学于1916年设立的植病组、昆虫组以及国立中央大学于1921年创建的第一个植物病虫害学系。

改革开放以后，在方中达、尤子平等一批教授的带领下在水稻白叶枯等重大病虫害的防治、病虫抗药性监测治理、害虫迁飞规律、重大病虫害的预测预报等研究方面取得了丰硕成果，先后获国家科技进步一、二、三等奖各1项。经过几代人的卓越建设，积淀了严谨厚重、励学敦行的优良学风，传承并保持了在全国同类学科中的领先优势，部分研究领域达到国际领先水平。2007年植物保护学科被认定为一级学科国家重点学科，下设3个二级学科：植物病理学、农业昆虫与害虫防治，农药学。依托该一级学科设有农业部病虫监测与治理重点开放实验室，农业部全国全国病虫监测培训中心、农业部病虫抗药性监测中心和植物保护博士后流动站。

至今植物保护学科共招收硕士研究生1400余名，博士研究生400余名。本学科一直秉持“创新人才培养”的理念，坚持以人为本，因材施教。，取得了良好的效果。2006年至2010年曾有13名研究生入选国家公派研究生项目，8人获得江苏省普通高校研究生科研创新计划项目。研究生5年内在校发表SCI论文200多篇，其中影响因子2以上论文90余篇。获得国家百篇优秀博士学位论文2篇，江苏省优秀研究生论文10篇（其中博士4篇、硕士6篇）。